Desde un punto de vista biológico, un embarazo resultante de la fecundación in vitro no difiere de un embarazo concebido de forma natural. Sobre todo, hay que tener en cuenta las expectativas de la pareja que ha tomado esta decisión, ya que tiene a sus espaldas años de ensayos y una gran cantidad de costosas investigaciones sobre fertilidad. Recientemente, la medicina ha llamado la atención sobre los problemas que surgen en los niños concebidos mediante fecundación in vitro. En estos bebés se observa bajo peso al nacer, prematuridad y defectos de desarrollo. Por desgracia, todo ello conlleva un aumento de la morbilidad y la mortalidad perinatal.

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Por ello se han introducido programas de prevención para la detección precoz de posibles malformaciones en el niño. La prueba de la mutación FQTR se realiza en hombres con azoospermia y oligoastenozoospermia grave. Esto ayuda a reducir la incidencia de fibrosis quística y de conductos deferentes congénitos en la descendencia. Otra prueba es el cariotipo de ambos progenitores y las pruebas prenatales de los embriones antes de la transferencia para eliminar defectos genéticos.