La segunda parte de este documento tratará sobre las enfermedades de curso crónico, o a largo plazo. Un niño con una enfermedad crónica requiere cuidados cuidadosos y la administración sistemática de medicación. Para todas las enfermedades crónicas es importante prevenir las exacerbaciones, incluida la protección contra las infecciones. Son aconsejables vacunas adicionales, por ejemplo contra la gripe. Éstas también deben considerarse en otros miembros del hogar, lo que se denomina "estrategia capullo". Las enfermedades agudas se tratan en la primera parte.